Im September 2018 legte der Bundesrechnungshof den Sonderbericht „Koordination und Steuerung zur Umsetzung der Energiewende durch das Bundesministerium für Wirtschaft und Energie“ vor. Der Bundesrechnungshof, unabhängiges Organ der staatlichen Finanzkontrolle und oberste Bundesbehörde, wies darin auf teils erhebliche Zielverfehlungen bei der Umsetzung der Energiewende hin und warnte die Bundesregierung vor einem Scheitern der Energiewende. Als grundlegendes Problem bei der Umsetzung durch das zuständige Bundesministerium für Wirtschaft und Energie (BMWi) benannte der Bericht ein gravierendes Missverhältnis zwischen Aufwand und Ertrag der Energiewende: „Trotz des erheblichen Einsatzes von Personal und Finanzmitteln erreicht Deutschland die Ziele bei der Umsetzung der Energiewende bisher überwiegend nicht.“ Parallel zur Veröffentlichung des Berichts distanzierte sich das BMWi in einer Stellungnahme von der Kritik und den Kostenberechnungen des Bundesrechnungshofes. Dieser bezifferte die Kosten der Energiewende für die Jahre 2013 bis 2018 auf mindestens 160 Mrd. Euro und betonte: „Die von uns erhobenen Sachverhalte zu den Kosten der Energiewende haben wir während des Prüfungsverfahrens mit dem Bundesministerium für Wirtschaft und Energie abgestimmt und anhand seiner Hinweise erforderlichenfalls angepasst. “Am 5. Juni 2019 wurde der Bericht im Ausschuss für Wirtschaft und Energie des Deutschen Bundestages erneut thematisiert und dort gemeinsam mit dem Präsidenten des Bundesrechnungshofes diskutiert. Wie schon in der Stellungnahme des BMWi vom September 2018 bestritt auch diesmal das BMWi in Person des Parlamentarischen Staatssekretärs Oliver Wittke die Richtigkeit der im Bericht des Bundesrechnungshofes genannten Zahlen zur Schätzung der Kosten der Energiewende.